Sakuya Izayoi, la sirvienta de la Mansión Scarlet Devil, es enviada a un misterioso mundo alternativo creado por su propia ama, Remilia Scarlet. Atrapada en un lugar donde el tiempo y la realidad parecen comportarse de forma extraña, Sakuya debe descubrir por qué fue puesta a prueba mientras se enfrenta a poderosos personajes del universo Touhou.
A medida que avanza, utiliza su habilidad para detener y manipular el tiempo para superar trampas, resolver acertijos y derrotar enemigos en combates inspirados en el bullet hell. Con una exploración fluida, una estética pixel art detallada y una narrativa centrada en el misterio detrás de ese mundo artificial, Touhou Luna Nights destaca por convertir el control del tiempo en el núcleo de toda la aventura.