En un reino dominado por una poderosa organización religiosa, la joven monja Sister Semilla es enviada en una misión para erradicar a las brujas, consideradas responsables de una serie de desgracias que azotan la región. Sin embargo, a medida que avanza por ciudades, monasterios y ruinas marcadas por la guerra, comienza a descubrir que la verdad detrás de la persecución es mucho más compleja de lo que le enseñaron.
Mientras obtiene nuevas habilidades y enfrenta enemigos cada vez más peligrosos, Semilla deberá cuestionar sus propias convicciones frente a un conflicto donde la fe, el poder y la justicia chocan constantemente. Con un estilo visual que mezcla escenarios en 2D con personajes modelados en 3D, Minoria combina combate ágil, exploración metroidvania y una historia de tono melancólico sobre el fanatismo y el sacrificio.