En la Tierra de los Humos, un reino donde la magia y la tecnología convivían gracias a los homúnculos, una extraña corrupción convierte a esas creaciones artificiales en seres violentos. Lilac, una joven con la capacidad de purificar a los homúnculos, despierta en medio del desastre y emprende un viaje para descubrir el origen de la calamidad y restaurar el equilibrio del reino.
A lo largo de su travesía, Lilac forma vínculos con distintos homúnculos que recuperan la razón y se convierten en sus aliados, otorgándole nuevas habilidades para explorar un mundo interconectado lleno de ruinas, laboratorios y ciudades en decadencia. Con una atmósfera melancólica, un combate refinado y una historia centrada en la identidad, la memoria y el sacrificio, ENDER MAGNOLIA expande la fórmula de su predecesor con un enfoque más profundo y emotivo.