En una noche envuelta por un misterioso festival, Reimu Hakurei se adentra en un Gensokyo alterado por una extraña anomalía que distorsiona el entorno y atrae a poderosos yokais y personajes del universo Touhou. Para descubrir el origen del incidente, deberá recorrer santuarios, bosques y cuevas conectadas entre sí mientras sigue el rastro de quienes parecen estar detrás del fenómeno.
A medida que obtiene nuevas habilidades de movimiento y combate, Reimu accede a zonas antes inaccesibles y se enfrenta a intensos combates inspirados en el estilo bullet hell de la franquicia. Con una estética anime en 2.5D, una exploración no lineal y una atmósfera nocturna cargada de misterio, Gensokyo Night Festival adapta el mundo de Touhou a una experiencia metroidvania.